Самой опасной болезнью пшеницы является головня. Несмотря на то, что протравливание семян дает очень высокий эффект, растения заболевают головней и число пораженных колосьев пшеницы твердой головней иногда достигает 35-45% (в среднем 1-2%). Пыльной головней пшеница поражается меньше-4-5% колосьев.

Головню легко узнать после выколашивания. Ржавчина сильно развивается лишь в годы с большим количеством осадков. Особенно вредоносна желтая. Посевы предгорной зоны южных областей иногда поражаются настолько сильно, что зерно становится щуплым. На севере в отдельных местах значительно развивается бурая ржавчина. Снежная плесень заметно вредит в Восточно- Казахстанской области. В Целинном крае на корнях пшеницы встречается гниль, вызываемая грибами гельминтоспориум. Обычно их принимают за причину заболевания. Однако они не при чем. Они произрастают на выросших из щуплых, больных и поврежденных зерен слабых, погибающих (обычно от засухи) растениях. Стоит только посеять отсортированными семенами - крупными, хорошо выполненными, полновесными, неповрежденными, вызревшими семенами - и никаких гнилей не разовьется.