В большинстве случаев деревья абрикоса представляют собой сеянцы как культурных, так и диких форм. Неоднородные по своему происхождению, они образуют чрезвычайно пеструю картину пораженности болезнями.

Самым опасным заболеванием абрикоса является клястероспориоз. Очень большое экономическое значение имеют термические повреждения коры и вымерзание почек. Часто цветы абрикоса губятся весенними заморозками, а в отдельные годы повреждаются даже завязи. Повсеместно распространен гоммоз. Серая плодовая гниль, наносящая большой ущерб деревьям и плодам в Европейской части Советского Союза, в Казахстане не имеет никакого экономического значения. Гниль древесины развивается на ослабленных термическими повреждениями деревьях.